1. CHIP-seq

  ChIP-Seq技术是研究蛋白质与DNA相互作用的有力工具，利用该技术可以检测转录因子与DNA的动态调控作用，各种组蛋白修饰，染色质调控因子等，转录因子与组蛋白修饰的ChIP-Seq示意图如下：

  ChIP-Seq技术包括两部分：建库和测序，建库和测序的质量对于后续分析尤为关键，但是建库前ChIP实验的设计也同样重要。从实验的操作来讲ChIP主要分为两大类，一类是X-ChIP，一类是N-ChIP。其中N-ChIP不涉及甲醛交联，更适合那些和DNA有强相互作用的蛋白ChIP-seq实验，主要就是组蛋白；而X-ChIP采用甲醛交联就没有这个限制，广泛适用于转录因子, 组蛋白, 聚合酶等蛋白的结合片段测序。

实验流程、建库流程、分析流程：

1. CHIP实验与建库流程

2. CHIP分析流程

1.1. Chip-seq可以告诉我们什么信息

chip-seq可以告诉我们一些什么信息？

基础分析系列：

1. 我们实验处理后送样测序的数据基本情况（测序下机数据质量情况）

2. 这些测序数据都分布在参考基因组的什么位置，以及比对结果如何（比对参考基因组情况）

3. 这些reads的分布有哪些区域具有显著成峰(Peak)特征（CallPeak情况）

4. 这些Peak区域可能影响到的基因是什么，这些Peak距离基因多远，又位于什么区域（Peak附近的临近基因注释结果及可视化情况统计）

5. 这些基因都普遍具有什么样的功能（富集到什么通路上，临近注释基因集的富集结果）

6. 这些Peak结合区域，都可能结合到一些什么样的蛋白（motif预测情况）

高级分析系列：

1. 差异Peak分析：可以寻找到两组不同生物模型比较表观水平的改变差异

2. Chip-seq与RNA-seq联合分析：可以寻找一些表观水平差异与基因转录水平改变的关联性

3. 超级增强子（SEs, Super-enhancers ）鉴定分析：可以找到影响转录水平异常增加的一系列表观水平的相互作用区域

4. 核心调控网络（CRC, Core transcription regulatory circuitry ）分析：可以从SEs中通过调控网络关系找到的核心影响转录因子

1.1.1. chip seq 报告解读

我们的Chip-seq分析报告展示：

分析案例：

• 染色质免疫共沉淀测序ChIP-Seq结题报告

报告解读：

• 染色质免疫共沉淀测序ChIP-Seq结题报告（解读）

• CHIP分析qc解读报告链接

1.1.2. Peak_Motif分析意义(homer)

homer_motif 分析能给到我们什么信息？

• motif的分析解读

• 1 . ChIP-seq
  • 1.1. ChIP-seq可以告诉我们什么信息
  • 1.2. TF-chip与Histonechip
  • 1.3. superenhancer的分析
  • 1.4. 高级分析
• 2 . RNA-seq
  • 2.1. RNA-seq能告诉我们一些什么信息
  • 2.2. mRNA建库，分析
  • 2.3. ncRNA seq
  • 2.4. go与kegg的意义与David网站