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染色质免疫沉淀技术 ChIP

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实验技术流程

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实验常见问题

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结果分析

对于一幅ChIP-qPCR实验结果Figure,应包含位点作用示意图、qPCR结果数据分析图,并应在Supplement中补充相关的验证性实验图片,具体如下图所示。

ChIP model figure

     Figure A:

      未处理组(Mock)与处理组(Treat)RNA聚合酶II分别与目的基因启动子调控区域A区域、D区域、G区域的结合。处理后RNA聚合酶II与A区域、G区域结合明显增加,D区域结合情况未有明显变化。

ChIP model figure A


      Figure B:

      未处理组(Mock)与处理组(Treat)转录因子1(TF1)分别与目的基因启动子调控区域A区域、B区域、C区域、D区域、E区域、F区域、G区域、H区域、I区域的结合情况比较。未处理组(Mock):转录因子1(TF1)与目的基因启动子调控区域A、B、G、H有结合,但与D、E、I区域有不明显的少量结合,且与C、F组不结合。处理组(Treat):转录因子1(TF1)与目的基因启动子调控区域A、B、C、D、E、F、G、H、I均有结合,且与A、B、G、H区域的结合经处理后明显的大量提升,且原本不结合的C、F区域处理后有少量结合,对D、E、I区域的结合情况无明显改变。

ChIP model figure B


      Figure C:

      未处理组(Mock)与处理组(Treat)转录因子2(TF2)分别与目的基因启动子调控区域A区域、B区域、C区域、D区域、E区域、F区域、G区域、H区域、I区域的结合情况。未处理组(Mock):转录因子2(TF2)与目的基因启动子调控区域G、H有明显结合,与A、B、C、I区域有少量的结合,且与D、F组不结合。处理组(Treat):转录因子2(TF2)与目的基因启动子调控区域A、B、C、D、E、F、G、H、I均有结合,且与A、B、G、H区域的结合经处理后明显的大量提升,且与C、I区域的结合经处理后也有提升,与且原本不结合的D、F区域处理后有少量结合,对E区域的结合情况无改变。

ChIP model figure C


      Figure D:

      未处理组(Mock)与处理组(Treat)转录因子2(TF2)分别与目的基因启动子调控区域Chr1.3q4(1号染色体3q4座位)的区域:A区域、B区域、C区域、D区域、E区域、F区域、G区域、H区域、I区域的结合情况。未处理组(Mock):H3K7Ac(3号组蛋白7号赖氨酸位点乙酰化修饰蛋白)与目的基因启动子调控区域A,B C G、H有明显结合,与D、E、F、I区域有少量的结合。处理组(Treat):H3K7Ac(3号组蛋白7号赖氨酸位点乙酰化修饰蛋白)与目的基因启动子调控区域A、B、C、D、E、F、G、H、I均有结合,且与A、B、C、G、H、I区域的结合经处理后明显的大量提升,且与D、E区域的结合经处理后也有少量提升。

ChIP model figure D

      

      Supplement:

      A 预实验:WB检测转录因子在细胞核内表达

ChIP model figure S.A


      B 细胞核抽提物被经过超声波打断或核酸酶酶解后DNA电泳,表示基因组DNA被打断成500bp左右的片段,方便后续的免疫共沉淀实验。

ChIP model figure S.B


      C ChIP-qPCR实验后,体系内的DNA片段扩增物进行DNA电泳,检测qPCR扩增产物是否和设计相符,以及检测是否有引物二聚体产生影响实验。

ChIP model figure S.C

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