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广州赛诚生物科技有限公司
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RNA pull- down实验常见问题

问题1RNA 降解

可能原因:1)无核酸酶的环境被破坏

2)体外转录的RNA探针降解

解决办法:1)清洗和使用新开的离心管和试剂等

2RNA探针合成后,电泳检测其长度和浓度

 

问题2RNA结合蛋白的亲和力不够:

可能原因:1)结合缓冲环境没有优化

2)裂解不完全

3)磁珠用量不足

4RNA探针用量不足

解决办法:1)优化孵育时间、温度 、盐浓度等条件

2)增加裂解液和蛋白上样量的比例

3)增加裂解液

4)增加磁珠用量

5)增加探针用量

6)确定生物素和链霉亲和素效率

 

问题3RNA结合蛋白没有结合

可能原因:1)靶蛋白量不足

2)缓冲体系不对

3RNA探针和蛋白的亲和力本来就低

解决办法:1)增加上样蛋白量

2)应用低盐体系

3)加入交联试剂

 

问题4:结合的非特异性高

可能原因:1)缓冲环境没有优化

2)缓冲环境严谨性低

3)样品没有裂解完全和裂解体系没有优化

解决方法:1)优化孵育时间温度 盐浓度等条件

2)使用严谨性高的缓冲体系

3)调低RNA探针和样品的比例

4)提高裂解液的量

 

问题5WB信噪比高

可能原因:1)阳性信号率低

2)一抗效率低

3)蛋白没有充分溶解

解决方法:1)增加二抗的量

2)用敏感度的化学发光液

3)用细胞裂解液预孵一抗

4)增加样品的量

5)确定有没有其他可能的结合情况

6)增加裂解液用量


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