1.2. TF-Chip 与 Histone-Chip

1.2.1. TF Chip 研究的核心问题

  是什么调控了我们的基因？ 转录因子调控了谁？本质是蛋白质对DNA的调控。此处"DNA"包括能够翻译成蛋白质的蛋白编码基因、能够转录成lncRNA/circRNA/miRNA的基因。

TF（Transcription factor，转录因子）：

目前，两种高通量实验和一种计算方法能够解决这个调控的上游原因寻找问题：

• Plan A：ChIP-seq，最直接，最有效

• Plan B：DNase-seq/ATAC-seq 或 RNA-seq，曲线救国； 与ChIP-seq整合分析更准确

• Plan C：基于motif预测

  由于ChIP-seq的直接与有效性，我们此处着重介绍CHIP-seq方法：通过前期实验与建库测序得到原始下机数据，随后将CHIP实验交联蛋白附近的DNA片段对比上基因组的显著富集区域通过callPeak方式找出来，并对其进行一系列分析。

1.2.2. Histone chip 研究的核心问题

Histone chip 的背景知识

• 组蛋白修饰(Histone Modifications)常见的类型都有哪些？不同的修饰类型的影响是什么？

  示例：

Histone chip 研究的核心是什么？

• 寻找组蛋白修饰对于我们基因调控的影响，寻找转录调控发生改变的根本原因。

Histone chip 整套流程可以告诉我们的什么信息？

• 基本内容同上，不同在于结果的意义：在基因组上哪些区域可能发生了组蛋白修饰。

• 1 . ChIP-seq
  • 1.1. ChIP-seq可以告诉我们什么信息
  • 1.2. TF-chip与Histonechip
  • 1.3. superenhancer的分析
  • 1.4. 高级分析
• 2 . RNA-seq
  • 2.1. RNA-seq能告诉我们一些什么信息
  • 2.2. mRNA建库，分析
  • 2.3. ncRNA seq
  • 2.4. go与kegg的意义与David网站