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3D基因组之ChIP-seq

3D基因组之ChIP-seq

基因组的三维立体结构的主要组成是DNA和蛋白质。研究基因组的三维立体结构就是研究DNA与蛋白之间的互作。ChIP一直是研究蛋白与DNA互作的重要方法。他可以显示众多调节蛋白在基因组上的分布。下表是生物体内常见的几种DNA调节蛋白。

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Histone是核小体的基本组成蛋白,核小体是染色质的基本组成单位。组蛋白的修饰(如:甲基化,乙酰化,磷酸化等)使核小体在DNA上发生移动,改变核小体的位置。这使得特定的组蛋白修饰代表特定的生物学特征。例如H3K27ac代表激活型启动子区域,H3K27me3代表抑制型启动子区域,等等。


除了组蛋白外,还有一类重要的调控元件-转录因子来调节染色质的结构和功能,然而,转录因子要与RNA聚合酶II互作,才可以调控基因表达。


CTCF是一类重要的绝缘子蛋白,与RAD21蛋白形成稳定的3维立体结构区域,维持染色质的正常形态。

另外,您需要根据目的基因的表达情况选择相应的ChIP组合方式。



ChIP-seq数据分析


ChIP-seq的数据呈现形式是多种多样的。但主要以3种形式出现在文章中。


1.最常见的peak


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2.研究转录起始位点的TSS距离分布图,可以清楚的观察到TSS位点处,多种蛋白的分布情况。

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3.比较直观的热图,可以清楚的看出同一DNA区域,不同蛋白的分布情况,以及同一蛋白在不同DNA区域的分布情况。

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