技术服务描述

1. 背景简介

对于转录组分析而言，往往涉及到成千上万个基因，这会使分析变得很复杂。解决思路是将一个基因列表分成多个部分，从而减少分析的复杂度。为了解决怎么分成不同类，通常会对基因功能进行富集分析, 期望发现在生物学过程中起关键作用的生物通路, 从而揭示和理解生物学过程的基本分子机制。功能富集分析可以将成百上千个基因、蛋白或者其他分子分到不同的通路中，以减少分析的复杂度。

在实际研究中，如对照组与实验组的差异变化显著性，重复性好坏等因素，部分关键性基因并不一定能达到阈值筛选标准出现在基因筛选列表中。 这时，需要根据研究的生物学意义，适当调低筛选基因的标准，结合基因表达的具体情况，重新筛选一批基因，这样的操作可能让后续富集结果发生显著改变。

为了更加方便各位学者的研究。基于此，已有多个团队开发过网页在线富集系统，如 David, KOBAS 3.0, 本篇文章将介绍 KOBAS 3.0 的使用。

富集分析效果对比如下图展示，左边为 “KOBAS 3.0”在线富集分析 的结果, 右边为 “使用R包clusterProfiler(v3.12.0)及注释库org.Hs.eg.db(v3.8.2)” 进行富集分析的结果, 为方便对比将两者通路中的富集基因数进行排序。

2. KOBAS 3.0 的使用

KOBAS 3.0 主页：http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/

该工具是出自北京大学魏丽萍教授团队，相比DAVID，它更新速度快，并且提供免费的KEGG富集。

2.1. 简易上手

1. 打开主页: http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/genelist/ ，或主页点击如下：

   

2. 在弹出的新页面中，选择对应的Species、Input type，输入geneID，选择富集的数据库Database，点击run即可进行富集分析，界面如下：

   

2.2. 网站首页功能介绍

• 网站首页功能介绍如下:

  

2.3. 基因注释功能

1. 在Anno界面输入基因List，点击run

   

   结果如下：

   

   
   

2. 点击Pathway的details，结果如下：

   

3. 点击Disease的details,结果如下：

   

   
   

4. 点击GO的details，结果如下：