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如何在线设计siRNA?

日期:2017-12-26 标签:如何在线设计siRNA?

小干扰RNA(Small interfering RNA;siRNA与靶向特异性的mRNA结合,通过RNA介导的沉默复合体RISC(RNA-induce siliencing complex)介导mRNA的降解。siRNA长度一般为21-23nt,被RISC识别结合之后,siRNA发生解旋。RISC在siRNA的反义链指导下,寻找具有同源序列的内源性的mRNA,并在距离5’端10-11位剪辑之间切割mRNA,从而导致转录后基因沉默。下面主要介绍一些siRNA在线设计网站。


查询分类

1 siDirect设计网站  http://sidirect2.rnai.jp/


DSIR设计网站  http://biodev.extra.cea.fr/DSIR/DSIR.html


invivogen设计网站 http://www.invivogen.com/sirnawizard/siRNA.php


网站1 siDirect设计网站

贴入RNA 的NCBI序列号及序列信息(FASTA格式),点击design siRNA.

网站会给出一系列的siRNA及其他判断信息,Tm值,脱靶效应等。



网站2 DSIR设计网站

填入RNA名字及序列(FASTA格式),选择Run analysis


网站会按照评分高低,将设计的siRNA排序,且去掉评分在90分以下得siRNA,我们只要选择排在前面得siRNA即可。




网站3 invivogen设计网站

贴入RNA序列,点击search

该网站不仅给出siRNA序列,也可以给出shRNA序列。选择载体点击design hairpin即可给出shRNA序列

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