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如何在线设计siRNA？
日期：2017-12-26 标签：如何在线设计siRNA？
小干扰RNA（Small interfering RNA；siRNA）与靶向特异性的mRNA结合，通过RNA介导的沉默复合体RISC（RNA-induce siliencing complex）介导mRNA的降解。siRNA长度一般为21-23nt，被RISC识别结合之后，siRNA发生解旋。RISC在siRNA的反义链指导下，寻找具有同源序列的内源性的mRNA，并在距离5’端10-11位剪辑之间切割mRNA，从而导致转录后基因沉默。下面主要介绍一些siRNA在线设计网站。
查询分类
1 siDirect设计网站 http://sidirect2.rnai.jp/
2 DSIR设计网站 http://biodev.extra.cea.fr/DSIR/DSIR.html
3 invivogen设计网站 http://www.invivogen.com/sirnawizard/siRNA.php
网站1 siDirect设计网站
贴入RNA 的NCBI序列号及序列信息（FASTA格式），点击design siRNA.
网站会给出一系列的siRNA及其他判断信息,如Tm值，脱靶效应等。
网站2 DSIR设计网站
填入RNA名字及序列（FASTA格式），选择Run analysis。
网站会按照评分高低，将设计的siRNA排序，且去掉评分在90分以下得siRNA,我们只要选择排在前面得siRNA即可。
网站3 invivogen设计网站
贴入RNA序列，点击search
该网站不仅给出siRNA序列，也可以给出shRNA序列。选择载体点击design hairpin即可给出shRNA序列
