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基因的本体论（Gene Ontology，GO）注释项目对基因功能进行了一致性描述，开发了可控制的词汇表，且无物种特异性。目前已经建立了三大独立的本体论词汇表：生物过程（biologicalprocess）、细胞组分（cellular component）和分子功能（molecular function）。这三大本体论词条下面又可以独立出不同的亚层次，以“有向非循环图（directed acyclicgraphs）”的方式层层向下，将每一个本体论词条串联起来形成树状结构。将GO词条分配给基因序列的行为即GO注释。目前，GO注释已经成为高通量测序序列的主要注释方法。